کتاب تاملات کلامیهاین اثر حاوی نظریات او و استادش می باشد و بسیار مفصل و مشروح و بحثهای مفیدی دارد و نسخه آن به خط خود مولف در 173 صفحه در کتابخانه دکتر محمد تقی راشد و مولف این مقاله موجود می باشد. این اثر سوای اشتمال بر اعتقادات استاد عقاید مولف را نیز در بردارد و مطالب آن از ابتدا تا مبحث صفات ثبوتیه ترجمه و تفسیر رساله استاد و چون نسخه دیگری از رساله استاد در دسترس وی نبوده،از آن پس تا پایان مبحث معاد توضیحات مولف و نظریات شخصی اوست.در مباحث امامت مخصوصاً اشکالات عامه فاضل هروی را متعرض و به بیانات شاخصه جواب داده( تنها از این قسمت مطالبی در حاشیه یکی از کتب شمس الدین بر جای است) و بر اصول ایشان اشکالاتی در پاره ای از مسایل وارد ساخته که جنبه ابتکار دارد . در مواردی از مباحث توحید و معاد که اثبات مطلب مستلزم بحث از اصول فلاسفه است نیز،سخن رانده است . این رساله که در مبحث کلام می باشد فوق العاده مفید بوده و می توان آخوند را به عنوان اولین فقیهی که تاکنون کلام را از منظر عرفان نگریسته،معرفی کرد. یادداشتهای پراکنده او بر حواشی کتبی که تدریس می کرده است نیز مبین نظریات او در مسائل مورد بحث است. در این قبیل موارد هرگاه از خود نظری داده است در پایان آن نامش را نوشته و در غیر این صورت نام کسی که آن مطلب را اظهار نموده است یادآوری کرده است. رساله مذکور در ماه محرم سال 1302 قمری به اتمام رسیده است. این کتاب به طبع نرسیده و قابل طبع و استفاده اهل فضل است .در اینجا به نمونه هایی از این اثباتها و فرضیه سازیهای آخوند در موارد متفاوت اشاره می شود : 1.تفسیر موضوع جبر،قضا و قدر : ……. اگر چه بسیاری از آیات علم فعلی است لکن فعل اثر ذات است و تا ذات عالم نباشد فعل او علم نیست و محقق طوسی در تجرید می فرماید : والتجرد و الاحکام و استناد کل شی الیه دلایل العلم و الاخیر که ذکر قضا و قدر و استناد هر شیئی به آن شده که موهم است جبر را و معنی آنرا با توهم همراه ؛ زیرا که پس از آنکه اشیا مستند شد به قضا و قدر و قضا و قدر از خدا پس همه اشیا و امورات زندگی از خدا خواهد بود و بنده را دخلی در آنها نیست ، لذا تاکیدی است بر قضیه جبر و دفع این توهم به این است که معنی قضا و قدر دانسته شود .پس می گوییم قضا و قدر یک مرتبه به اعتبار علم ملاحظه می شود و یک مرتبه به اعتبار اعیان موجودات ولی تفاوت این دو به اجمال و تفصیل است زیرا که قضا در اعیان موجودی عینی اجمالی است که صادر اول باشد که ماده باقی موجودات است و قدر در اعیان تفاصیل موجودات است که علم الهی بر نهجی که به وقوع می پیوندد تعلق به او می گیرد و قضا در علم ، علم اجمالی است و …….. 2-رفع شبهه از تعاریف علم واجب تعالی از دیدگاه حکما،متکلمین و فلاسفه توسط آخوند و ابتکارات ایشان در رفع این تعاریف : …… علم واجب تعالی به ذات خود حضوری اشراقی است،به اتفاق حکما و متکلمین و به غیر ذات نیز چنین است بنا بر تحقیق چنانکه مختارشیخ اشراق و خواجه نصیرالدین طوسی است در شرح اشارات و از محقق لاهیجی هم اختیار این قول در گوهر مراد بر می آید ولی اشکالاتی در این قسم علم در واجب تعالی در تعاریف این سه بزرگوار وارد آورده اند که سزاوار است تنبیه بر آنها.یکی اشکال کرده اند به حوادث زمانیه که بعضی از زمان لباس وجود را می پوشند ،چگونه می شود علم ازلی نسبت به این حوادث یا مستلزم ازلیه حوادث است یا حدوث ذات و یکی اشکال کرده اند به حضور مجردات چه مادیات مبتلایند به حاجتی به زمان معین و مکان معین و وضع معین و آلوده اند به غواشی ظلمات .چگونه نزد مجردی که تام و فوق التّام است و از همه این جهات منزه و مقدس می تواند حاضر شود و حال آنکه دانستی که در این علم حضوری اشراقی سبب با اتحاد علم و عالم و معلوم است یا قیام معلوم به عالم و امثال این دو و اتحاد چنین علم و عالم و معلومی را هر مجهول و جاهل ممتنع می داند چه جای به عالم برسد و یکی دیگر از اشکالات این است که لازم می آید عدد موجودات متناهی باشد و حال آنکه غیر متناهی است آیا نزد حکما به جهت قول ایشان به ازلیه عقول و خلود جنت و نار هر چند روحانی باشد و نزد اهل اسلام و علیین به جهت اخیره چه ایشان ابدا غیر متناهی می دانند موجودات را ازلّا. بیان ملازمت این است که اجزا زمان و حرکات و اوضاع نظر به واجب الوجود مترتب و مجتمع در وجودند و چون چنین شد برهان ابطال تسلسل در آن جاری می شود و چون به مقتضای برهان مزبور اخذ نماییم تناهی لازم می آید . اشکال دیگر در علم الهی اگر چه اختصاص به علم حضوری ندارد بلکه بنا بر علم حصولی فعلی نیز وارد می آید پس از آنکه قایل شدیم به عموم علم الهی نسبت به معلومات لزوم جبر است چه از جمله اشیا است افعال عباد معلوم خداوند است در ازل و اگر بنده به جای نیاورد آنچه را که در ازل معلوم خداوند است که بنده خواهد کرد چرا که لازم می آید انقلاب علم الهی به جهل و چون جماعتی نفی علم را خوب ندانسته ، نتوانسته اند حل این شبهه نمایند اختیار مذهب جبر کرده اند و ترهّاتی و مُزَخرَفاتی در هم بافته اند و اضلال خلق کرده اند؛چنانکه خیام در شعری گفته : من مِی خورم و هر که چو من اهل بُود *** مِی خوردن من به نزد او سهل بُود مِی خوردن من حق ز ازل می دانست *** گر مِی نخورم علم خدا جهل بود |